La Filial de la Fundació Privada Acadèmia de Ciències Mèdiques de Catalunya i de Balears i amb el nom d´A grupació de Ciències Mèdiques de Girona de la província de Girona, es fundà com a tal el 7 de novembre de 1954. L´impuls inicial el donà el llavors president Dr. Jacint Muñoz i Arbat , i la primera Junta la constutuïren el mateix Dr. Jacint Muñoz i Arbat i els Drs. Lluís de Vehí , Josep Cornella , Albert Casellas i J.M. Vilà .
El començament de l´ Agrupació de Ciències Mèdiques de Girona coincidí amb la celebració del 50è aniversari del Col.legi Oficial de Metges de Girona, que que va tenir com a fundador al Dr. Josep Pascual i Prats , figura senyera de la medicina gironina i home d´extrordinària cultura i incansable activitat. La formació científica en relació amb els temes de la salut i el seu entorn fou el gran objectiu de l´entitat i, pràcticament des de 1968 tota l´activitat científica del Col.legi Oficial de Metges de Girona ha passat a mans de l´Agrupació.
L´any 1979 es va celebrar el 25 aniverari de l´ Agrupació de Ciències Mèdiques de Girona , amb la publicació d´un llibre recordatori, "Els primers 25 anys d´activitats de l´ACMG", a càrrec del Dr. Josep M. Pla Dalmau , farmacèutic i col.legiat d´honor.
Per raons geogràfiques evidents es varen fundar les Filials de l´Associació de Ciències Mèdiques de l´Alt Empordà, la Filial de la Garrotxa, i la Filial de la Cerdanya, que mantenen amb l´ Agrupació de Ciències Mèdiques de Girona una important relació estructural, i al mateix temps faciliten l´accés a les activitats el més a prop del domicili o lloc de treball del soci.
Des de l'any 1997 l´Agrupació de Ciències Mèdiques de Girona s´adhereix a la Fundació Privada Acadèmia de Ciències Mèdiques de Catalunya i de Balears , i segueix essent per el número de socis i les activitats que realitzan, de les més nombroses i valorades.